这些细菌生活在肠道并非是多余的，也不是有害的，人体细菌肠道细菌显然也懂得双赢的道理，肠道细菌在享受人体提供的生存空间时自然也感恩戴德。
抑制外来病原微生物
它们能够抑制外来病原微生物，外来病原微生物要想在人体内捣蛋就必须先在人体内找到立足点。因为有着正常的微生物菌群暂居了生存空间，外来病原微生物要夺取一个立足点必须要和体内原有的菌群竞争，但大部分情况都是这些病原微生物败下阵来。人体正常肠道细菌以逸待劳自然很容易打败外来的入侵者，从而起到抵御外来病原微生物。所以只要不“作乱”的肠道细菌都是良民，人体应与其和平共处，若乱用抗生素则会照成失衡，外来细菌容易趁机作乱。
合成人体所需营养物质
人体正常微生物还能合成一些人体需要的营养物质供人体吸收如维生素合K、维生素B、烟酸等，此外，肠道微生物还有调节人的免疫力、降解食物中亚硝胺等致癌物质的功能。