1. 用于胃肠湿热，泻痢呕吐。本品大苦大寒，清热燥湿之力胜于黄芩，尤长于清中焦湿热，火毒郁结，用于湿热中阻，气机不畅，脘腹痞满，恶心呕吐，一般以黄芩、干姜、半夏等同用，治湿热泻痢，轻者单用即有效。若泻痢腹痛，里急后重，与木香同用，如香连丸。若泻痢身热者，配伍葛根、黄芩、甘草等也能起到很好的疗效。如果下利脓血，又可以配伍当归、白芍、木香等。
2. 用于热盛火炽，高热烦躁，本品泻火解毒，尤善清心经实火，若三焦热盛，高热烦躁，一般以黄芩、黄柏、栀子等清热药物相须为用，如黄连解毒汤。若热邪炽盛，阴液已伤，水亏火炎，心烦不眠，常配黄连、白芍、阿胶等，如黄连阿胶汤。
3. 用于痈疽疔毒，皮肤湿疮，耳目肿痛。本品清热燥湿，泻火解毒，用于治疗痈肿疔毒，多与黄芩、栀子、连翘等清热药物同用。治疗皮肤疮，也可以用黄连制成软膏，外敷。