目前常用的诊断小肠疾病的方法有：X线、小肠CT或磁共振造影、小肠镜、胶囊内镜、选择性血管造影术以及腹腔镜等等。
腹部平片可以显示出小肠梗阻的典型征象，如果患者有腹痛和出血怀疑小肠肿瘤，但是又未出现明显梗阻时可以做气钡双重对比X线检查。多排小肠CT造影，具有无创伤性、费用较低、对病灶空间分辨率高等优点，可以作为小肠肿瘤诊断的首选方法。如果患者没有小肠梗阻的存在，胶囊内镜也是可以选择的诊断手段，小肠镜对小肠肿瘤的诊断具有明确的价值，理论上能够观察整个小肠，并且能够进行病理活检，是一种比较理想的确诊手段。