1. 上市制度和条件不同。科创板旨在扶持科创型企业，为盈利和规模都在初创阶段的中小型科创公司提供更加方便的上市渠道，所以它不同于传统板块，它的上市制度为注册制，只要符合证监会设定的相关条件即可登录这个版块，无需审批。但创业板实行的是和主板一样的审核制，要求每年达到一定的盈利标准、资产规模，提交的材料需要经过证监会审批同意才可上市，相对来说较为严格。
2. 投资者门槛不同。科创板的投资者准入门槛较高，要求前20个交易日日均资产不低于人民币50万人民币，证券交易时间为2年以上。如果未达到条件的投资者只能通过公募基金的方式参与。而创业板则没有资金要求，首次开通只需要携带证件到柜台现场办理即可，如果交易年限在2年以下，T+5个交易日开，交易年限2年以上，T+2个交易日开通。
3. 交易规则不同。科创板上市的前5个交易日没有涨跌幅限制，之后为20%，沿用了T+1交易机制，但增设了盘后固定价格交易。创业板上市首日涨跌幅限制设为20%，次日起改为10%；科创板委托交易数量单笔不能低于200股，按1股单位递增，限价申报数量不可超过10万股，市价不可超过5万股。创业板的委托交易数量为100或者100的整数倍，单笔最大不可超过100万股。