药学院是沈阳药科大学历史上最悠久的二级教学管理机构。1932年10月开始招收调剂班学员；1940年将调剂班改为药科班；1948年成立药学专科；1949 年将药剂专科改为药剂系；1958 年正式更名为药学系；2001年4月，在原有药学系的基础上，并入了物理化学教研室、分析化学教研室、仪器测试中心、药物代谢与药物动力学实验室，正式组建药学院。
药学院下设两个系：药剂系和药物分析系，其中：药剂系包括3个教研室（或中心）——药剂教研室、物理化学教研室、药剂教学实验中心；药物分析系包括 5 个教研室（或中心）——药物分析教研室、分析化学教研室、药物代谢与药物动力学实验室、分析化学教学实验中心和仪器测试中心。