金刚菩提上的丝其实是残留下来的果皮或者果肉，主要分布在表面的缝隙中，可在平时采用干刷的方式将其清理干净，大概坚持刷洗2周左右，可将这些丝状的杂质清理出来。或者泡水清洗，之后放在阴凉处晾干即可。
去除金刚菩提丝的方法在去除金刚菩提的时候，它表面上的丝其实指的是残留的果肉，属于金刚菩提的瑕疵，一般刚买来的金刚菩提容易出现这种现象，主要呈纤维状的织物毛件，最好在平时多刷多盘，这样才能更好的清理掉丝。
若是时间允许的情况下，可采用干刷的方法清理，先将钩针将里面的残渣清理出来，再用钢丝刷集中清理里面的丝状部分，大概坚持刷洗1～2个星期，这样能将里面的渣滓清理出来，盘玩后色泽度也会变得更高。
如果嫌比较麻烦的话，也是可以适当采用水洗的，但每次泡水的时间不宜过长，否则容易出现霉变现象，主要将其放在温水中浸泡20分钟左右，将表面上的果皮或者果肉软化，再用刷子清理干净即可。