首先，产权年限不同，商业40年，办公50年。
商业用房：是指房地产开发公司开发的供商业、粮食、供销、饮食业等部门对外营业用的商店、门市部等房屋，一般指底层临街的房屋。
办公用房：是指企业、事业、机关、团体、学校、医院等单位的办公用房屋，一般来说，档次较高的、设备较齐全的为高标准写字楼，条件一般的为普通办公用房。
房产证用途分类：房产证上所注明的房屋用途各地规定并不一致，并没有明确的法律法规规定。
使用性质主体不同；商业用房的使用主体多为各类商店、门市部等商业用户，办公用房的使用主体多为企业、事业、机关等单位。
用途不同；商业用房主要是从事商业行为的所用的房屋，而办公用房是单位办公用的房屋。
另外办公用房有全国统一的建设标准，商业用房没有这一标准。