虽说益生菌有缓解腹泻和便秘、调整肠道菌群、帮助消化与吸收、增强免疫力、刺激肠道免疫细胞的功效，可也不能长期服用。不管是母乳喂养的宝宝还是奶粉喂养的宝宝，一旦长期且过度服用益生菌，就容易导致以下3种隐患：
1. 导致肠道功能逐步丧失自身繁殖有益菌的能力，不得不终生都依靠和口服益生菌产品来维持身体的健康状态。
2. 会让许多乳酸菌对抗生素具有多重抗药性，透过与病原菌的共同生活、接触，很可能将自身携带的抗药性基因传递给病原菌，使之获得抗药性而成为“超级病菌”，一旦感染可能会出现无药可医的现象。
3. 宝宝本身肠道就有自己的益生菌群，如果长期服用益生菌，就会破坏宝宝自身的益生菌群，降低宝宝抵御病菌的能力。