综合保税区是设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域，由海关参照有关规定对综合保税区进行管理，执行保税港区的税收和外汇政策。它和保税港区一样，是中国目前开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全、手续最简化的特殊开放区域。与保税区一字之差的保税港区功能更为齐全，它整合原来保税区、保税物流园区、出口加工区等多种外向型功能区后，成为更为开放的一种形态，也更符合国际惯例。
综合保税区是指集保税区、出口加工区、保税物流园区、港口的功能于一身，可以发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务，是国内功能最全的海关特殊监管区域。