1. 顶部过滤。利用抽水泵把鱼缸的水体通过管材抽至上部过滤棉、生化滤材里，经过物理、生化过滤后再返回鱼缸里。这种方式的上滤池不宜过大，以免影响美观。
2. 底部过滤。把底砂和陶瓷环平铺至过滤板的上面，均匀分布，让水体通过底砂和陶瓷环的缝隙，经过一定的时间，硝化细菌会在此处生存、繁衍，这种底部过滤的净化效果非常的明显，只是有堵塞过滤管材的可能，建议反方向过滤使用。
3. 内部过滤。这种过滤方式主要指的是沉水过滤系统的类型，滤材完全沉在水里，发出的噪声就会相对较小。这种全浸泡方式也比较有利于消化细菌的生长，但其物理过滤的效果较差，比较适合在小缸中使用，由于其直接占用鱼缸空间，故这个地方还有待新过滤技术的出现或改进。
4. 外部过滤。这种过滤方式主要代表就是鱼缸外部，鱼缸底柜中所设置的“底滤”，通过管材和鱼缸的水体进行连接。这种过滤方式比较占用空间，但是其隐蔽性值得推广，不占用鱼缸的空间，也不影响其美观，又能通过高低柜调节鱼缸在适当的高度，便于人们观赏。