1. 原料不同：葛根粉为豆科植物野葛的块根制成的淀粉，其味道甘凉可口，既做食用也做药用。藕粉为睡莲科多年水生宿根的草本植物—莲的肥大根茎加工制成的淀粉，一般采用新鲜的老藕。
2. 颜色不同：藕粉会氧化变红，葛根粉无此反应：纯藕粉含有多量的铁质和还原糖等成分，与空气接触后极易因氧化而使藕粉的颜色由白转微红，藕粉保存时间长，颜色会由微红变为红褐色，这不是变质，不妨碍食用。葛根粉无这种变化，都呈白色或略带黄色，如果呈玫瑰红色，则是加入色素染色的。
3. 手感和口感不同：取少回许藕粉用手指揉擦，其质地比葛根粉要细腻且滑爽如脂。取少许藕粉放入口中，其触及唾液后即会很快溶化。其他淀粉入口后则不易溶化，反而会黏糊在一起或形成团状。葛根粉闻之无明显气味，味微甜，放入口中不易融化，可能与唾液黏糊在一起成团状。葛根粉冲泡好之后，用勺子挑起一勺葛根粉，让它自然流下后形态会呈线状。