三方协议与劳动合同的区别是，三方协议的主体是学校、毕业生与用人单位，而劳动合同的主体是劳动者与用人单位。并且三方协议是学生在校期间签订的，而劳动合同可以是离校后签订的。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第十七条
劳动合同应当具备以下条款：
（一）用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人。
（二）劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号码。
（三）劳动合同期限。
（四）工作内容和工作地点。
（五）工作时间和休息休假。
（六）劳动报酬。
（七）社会保险。
（八）劳动保护、劳动条件和职业危害防护。
（九）法律、法规规定应当纳入劳动合同的其他事项。
第十八条
劳动合同对劳动报酬和劳动条件等标准约定不明确，引发争议的，用人单位与劳动者可以重新协商；协商不成的，适用集体合同规定；没有集体合同或者集体合同未规定劳动报酬的，实行同工同酬；没有集体合同或者集体合同未规定劳动条件等标准的，适用国家有关规定