电子显微镜可以看到分子。电子显微镜的分辨率为0.2纳米。
电子显微镜缺点：
1. 在电子显微镜中样本必须在真空中观察，因此无法观察活样本。
2. 在处理样本时可能会产生样本本来没有的结构，这加剧了此后分析图像的难度。
3. 由于电子散射能力极强，容易发生二次衍射等。
4. 由于为三维物体的二维平面投影像，有时不唯一。
5. 由于透射电子显微镜只能观察非常薄的样本，而有可能物质表面的结构与物质内部的结构不同。
6. 超薄样品，制样过程复杂、困难，制样有损伤。
7. 电子束可能通过碰撞和加热破坏样本。
8. 此外电子显微镜购买和维护的价格都比较高。