1. 适用的对象不同：专项维修资金适用于住宅物业、住宅小区内的非住宅物业或者与单幢住宅楼结构相连的非住宅物业；而专项维修基金则主要适用于商品住房和公有住房出售后的物业，也适用于非住宅商品房。
2. 交纳主体不同：专项维修资金交纳的主体是业主，专项维修基金商品住房的交纳主体是购房者。
3. 适用范围不同：专项维修资金用于物业保修期满后物业共用部位、共用设施设备的维修和更新、改造；而专项维修基金则用于房屋共用部位和共用设施设备的维修。
4. 所有权不同：专项维修资金属业主所有，专项维修基金商品住房由购房者交纳的基金属于全体业主共同共有。