1. 发酵技术的应用。例如：酒。酒可以说是人类应用微生物最早的一方面，也是非常成功的一方面，全中国的饮酒人数超过5亿，每年可以喝掉300亿公斤酒，这个应该一点也不夸张。酒的主要成分就是酒精，据根不同的发酵形式，不同的发酵类型分为，发酵制备出不同类型的酒：白酒，黄酒，米酒，红酒等等。
2. 制药。传统合成制药，对环境污染比较严重，目前发酵制药技术受到较大重视。微生物在医药方面的应用属于现代生物技术。最早是青霉素，此后，各种抗生素层出不穷，多数是用放线菌生产的。还有维生素C、维生素E等。
3. 酶制剂。酶制剂有相当广泛的应用范围，包括食品、饲料、化工、医疗、环境保护等领域。酶制剂绝大部分是靠微生物发酵制备，包括固态发酵和也太发酵。
4. 饲料。发酵饲料就会用到乳酸菌，枯草芽孢感觉，酵母等菌株。
5. 肥料。微生物肥料。
6. 食品。酱油，醋，臭豆腐，黄豆酱，酸菜，酸奶等