1. 分布不同：根主要是在植物的底部，一般都是在地下；而茎主要是在植物的中轴部，一般都是在地上。
2. 作用不同：根主要是用来负责吸收土壤里面的水分以及各种营养物质，并且还具有支撑、繁殖、贮存等作用；而茎主要是用来传递水分以及各种营养物质来支持叶、花、果实在一定空间中生长，有些还具有光合作用。
3. 结构不同：根可以分为根尖结构、初生结构、次生结构；而茎则分为初生结构、次生结构、横切面。
其它植物器官：
叶：叶是植物进行光合作用的主要器官，其中叶片的颜色与其所含的色素有关。
花：花是植物繁衍后代的生殖器官，主要包括雄蕊以及雌蕊，一般需要借助自然或人工的方式完成受精。
果实：果实是被子植物的雌蕊经过传粉、受精，之后发育而成的器官，一般包括果皮和种子两部分。
种子：种子是裸子植物和被子植物特有的繁殖体，一般由种皮、胚、胚乳三部分组成。