1. 参保对象：职工医疗保险包含的是，城镇在职职工以及单位退休职工;而参加灵活医疗保险的人群包括，暂时没有工作的、个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险及其他情况人员。
2. 缴费：从缴费方式来说，灵活就业人员可以选择月缴，也可以选择年缴;而城镇职工一般都是月缴方式。
3. 再从缴费基数来说：灵活就业人员参加医疗保险的缴费基数，一般为当地上年度在岗职工年平均工资60%;职工参加医保的缴费基数为职工月工资总额。
4. 缴费比例：各地的政策都不同，无论是灵活就业人员医保还是职工医保，缴费比例都可能存在差别。
5. 另外单位社保属于职工保险：包含了养老、医疗、工伤、生育、失业五种。个人社保属于城乡居民保险，虽然也包括养老、医疗保险，但两者的性质还是有所差别的。