抗菌作用
黄柏有广谱的抗菌作用，对各型痢疾杆菌的抑制作用尤强。在黄连解毒汤中黄连、黄柏的抗菌活性有协同作用。对结核杆菌、钩端螺旋体有较强的抑制和杀灭作用。对多种真菌、滴虫有显著的抑制作用。黄柏还有有抗流感病毒的作用，对乙肝表面抗原有明显的选择性抑制作用。其机制与其对细菌呼吸和RNA合成的强烈抑制有关，还能明显减少金葡菌毒素的生成并促进白细胞对细菌的吞噬。
对心血管系统的作用
黄柏有显著的降压效果。其所含的多种生物碱如小檗碱、黄柏碱、巴马亭、药根碱、木兰花碱均有降压作用。其降压机制与阻断神经节、抑制血管中枢、抗交感神经介质有关。
对消化系统的影响。
黄柏对实验性溃疡有显著的保护作用。其抗溃疡活性比小檗碱为强。黄柏、小檗碱、黄柏酮能兴奋肠平滑肌，促进肠管收缩；黄柏内酯能使肠管弛缓。本品对胰蛋白酶活性有显著的抑制功效，此作用与小檗碱无关。
保肝利胆作用
黄柏这种所含有的柴胡檗有降脂、利胆的作用，能促进胆汁和胰液分泌，促进胆红素排出。黄柏煎剂6.25-100%体外试验，对乙型肝炎抗原有抑制作用。黄柏碱对慢性肝炎有一定作用。