商业用房房产证和一般的房产证没有什么区别，就是土地性质和使用权限有不一样的地方，商业用地是指规划部门根据城市规划所规定该宗地块的用地性质是用于建设商业用房屋，出让后用地的使用年限为40年。一般产权证上有两个性质，一个是土地性质，一个是房屋性质。
两者的区别可能在于：
1. 交易税费：初次购买或者转让时的契税按照3%收取，而住宅为1.5%。如果国家开征物业税，土地增值税，商业用房的标准也会比住宅高。
2. 按揭方式：大多不能申请公积金贷款；但是也有少数项目在开发商的努力下能够办到，另50年产权或者40年产权的住宅。如采用银行贷款的方式，只能得到五成或六成按揭，最长贷款年限10年。
3. 设计标准：设计导向不同，公建物业受朝向、采光、进深等限制较少，而普通住宅的要求较高。