如果因各种失误造成了小麦播种过深，一般会在发芽出苗过程中消耗过多养分和时间，使得麦苗地下部分损耗养料太多，导致输给麦茎养分减少，因而容易造成苗黄苗弱现象，也就是麦苗绿色部分下端会表现为黄色，而非正常情况下的白色。另外，地下消耗过多养分也会造成小麦地下茎过长，容易形成地中茎，一般会影响小麦冬前养分积累，并影响到麦苗分蘖，若是遇到雨雪较少、气候干旱年份时很容易出现死苗或烂苗情况。
再一方面，小麦播种过深也会造成麦种吸收的养分、氧气和活力等方面受抑制，从而破土能力较差，很容易出现断垄缺苗现象，也会造成出苗不齐等情况，造成后期农业生产管理麻烦。