珍珠奶茶里的珍珠是用木薯粉为原料制作的，正常情况下食用，是不会出现消化不良情况的，只是其在胃部消化的时间较长，一般来说，少量食用珍珠，身体消化功能良好的话，3-4小时就能完全消化并吸收了，若是消化功能较差，那么消化时间较长，少则6-8小时，多则1天左右。
吃完珍珠后，可以食用一些肠道益生菌，比如：酸奶等，能够促进胃肠道蠕动，刺激胃酸分泌，从而加快珍珠的消化与吸收。也可饮用一些温水，帮助食物的排空，从而对珍珠在体内的消化速度有所提升。还可以在吃完珍珠后，食用一些帮助消化的食物，比如：山楂、柠檬等，都可以在一定程度上刺激胃酸分泌，增加肠道的消化率。