课程目标和教学目标虽然都是教育目的、教育目标及培养目标的具体化，但两者之间的区别又是明显的。
1. 两者的含义不同。课程标准通常包括了几种具有内在关联的标准，主要有内容标准(划定学习领域)和表现标准(规定学生在某领域应达到的水平)。在广义上的课程目标的涵义定位于教育与社会的关系，是一个比较大的视角，涵盖面是全层次的。它即是教育意图，包含了“教育方针”、“教育目的”、“培养目标”、“课程教学目的”和“教学目标”，而教学目标一般从科学探究、情感态度与价值观、科学知识、科学技术社会环境四个方面提出某一课期望达到的目标。
2. 两者的指导对象不同。课程目标指导整个课程，而教学目标只是指导某一课的教学过程。
3. 两者的概括程度不同。课程目标较为抽象，是对科学课程在宏观上的指导，教学目标则较为具体，对教学细节上的要求。
4. 两者的实施主体不同。课程目标的实施主体涉及到教育管理部门、课程指导机构、师资培训基地、教材与教学参考书的编写者与审核者、学校的专业教师和教辅人员以及全体接受课程教育的学生。教学目标的实施主体只包括担任课程教学任务的专业教师、教辅人员以及全体接受课程教育的学生。
5. 两者的灵活程度不同。课程目标往往是国家教育管理部门组织有关专家反复研讨、推敲的结果，具有导向作用。课程目标一旦确立，轻易不会改动;而教学目标往往是由任课教师根据自己对课程目标的理解和对实际教学状况的把握来制订的，随着教学活动的展开和教育改革的深入，某门课程在某学期、某堂课甚至某个教学活动环节上的教学目标是可以随时随地调整更新的。