做胃镜对身体的伤害较小，只是有点恶心和不适感，并没有人们传说的那样痛苦不堪，也不会对身体健康造成多大的伤害，主要配合医生的操作就不会有什么影响。
现在的内镜逐渐变细镜身越来越柔软它的视角，前镜的视界也越来越宽广，所以它直接造成穿孔的可能性很小，另外这些年随着内镜医师培训这种专业化，技术越来越成熟，在临床上可以这么讲做胃镜所发生的这种穿孔，这种可能性可以说非常罕见，一般来讲是非常安全的。
但是这些人要慎做胃镜：
1.患有严重心律紊乱、心肌梗塞活动期、重度心力衰竭等严重心脏病。
2.患有哮喘、呼吸衰竭不能平卧等严重肺部疾病。
3.精神失常不能自主配合、高龄以及体质特别虚弱。
4.食管、胃十二指肠穿孔的急性期，急性重症咽喉部疾患，以及腐蚀性食管损伤的急性期。