合工大有数学系，合肥工业大学数学学院是全国高校中开展数学建模最早的学院之一。合工大目前设有5个系、部，分别是：信息与计算科学系、应用数学系、统计学系、大学数学教学部、工程数学教学部，设有3个本科专业：信息与计算科学、数学与应用数学、统计学；拥有1个一级学科博士点：数学；拥有1个一级学科硕士点（数学），下设5个二级学科硕士点（基础数学、计算数学、应用数学、概率论与数理统计、运筹学与控制论）；学院主办了国家级学术期刊《大学数学》杂志。
合肥工业大学数学学院的前身是合肥工业大学基础部数学教研室。1985年由数学与力学两部分合并成立应用数学力学系；1997年合肥工业大学与安徽工学院合并成立了新的合肥工业大学，两校的数学、力学合并成立了新的应用数学力学系。1999年在学校的院系调整中，由应用数学力学系的数学部分和物理系合并成立理学院；2007年理学院分开成立了数学系，2009年4月撤销数学系，成立数学学院。