基因表达调控分为很多水平：
1. DNA和染色体水平：基因丢失、基因修饰、基因重排、基因扩增、染色体结构变化。
2. 转录水平调控(主要调控方式）：转录起始、延伸、终止均有影响。原核生物借助于操纵子，真核生物通过顺式作用元件和反式作用因子相互作用进行调控。
3. 转录后水平调控：主要指真核生物原初转录产物经过加工成为成熟的mRNA，包括加帽、加尾、甲基化修饰等。
4. 翻译水平调控：对mRNA稳定性的调控、反义RNA对翻译水平的调控等。
5. 翻译后水平调控：蛋白质的剪切、化学修饰（磷酸化、乙酰化、糖基化等）、转运等。
6. mRNA降解的调控。