因为进水中含有二氧化碳，RO的产水pH值总会降低，对于大多数RO系统反渗透产水的pH值将有1至2个pH值的下降，当进水碱度和碳酸氢根离子高时，产水的pH值下降更大。
反渗透纯水机的进水为常规的自然水体，水中含有二氧化碳，二氧化碳在水中会与碳酸氢根离子和碳酸根离子之间形成一定的离解平衡，由于RO膜可以脱除溶解性的离子而不能脱除溶解性的气体，所以RO产水中的二氧化碳含量与RO进水中二氧化碳的含量基本相同，但是碳酸氢根离子和碳酸根离子常常能够减少1至2个数量级，打破进水中二氧化碳、碳酸氢根离子和碳酸根离子之间的离解平衡，二氧化碳将与水结合发生平衡的转移，建立新的平衡。