水晶消磁净化的方法有：
1. 日光照射法。
把水晶放置于阳光下晒数小时，水晶可消磁净化。但此方法不适用于紫水晶、黄水晶或粉水晶等等的有色宝石，因為这些水晶都内含Fe（铁）、Cu（铜）等其他元素，长时间曝晒会导致氧化或因高温也易改变水晶内之分子结构而退色。
2. 海盐浸洗法。
将晶石放进一杯以适量海盐洋（或粗盐）开匀的盐水中，浸三至四个小时，即可消解晶石周围的磁场。
3. 雪堆埋藏法。
只须将晶石直接埋藏于霜雪里约数小时，可消除晶石周围的磁场。但若晶石体积较大，就不适宜使用此类清洗方法，主要原因是假若晶石埋藏于雪堆一段时间后再取出时，会因雪埋内外的温差而产生冷缩热胀，有可能令到晶石出现爆裂情况。
4. 清水净化法。
可以将晶石放在水龙头下冲洗约二十分钟，能平衡晶石的负性能量。但黄铁矿或蓝铜矿等晶石不适宜使用此类清洗方法，原因是此等矿石类别含有铁与铜的成份，不能被水冲洗。
5. 香熏净化法。
在室内燃起一些擅香或沉香等香熏料，然后将晶石放于其中接受烟熏，有净化晶石磁场的作用。