新农合省级结算中心按季度与各统筹地区新农合经办机构进行基金清算。清算代行支付的重大疾病住院补偿款、考核扣款和基金利息收入，并及时向统筹地区经办机构邮寄相关结算凭证。
新农合查询个人账户
1. 携带身份证到当地乡镇卫生院的合管办或者到县合管办进行查询。
2. 携带本人合作医疗证和身份证到当地新农合合作医疗机构查询。
3. 可直接拨打社保电话12333进行查询。
4. 进入当地劳动和社会保障据,内有“社保网上办事”一项，点击进入，在点击“个人情况查询”即可。
5. 为了做好新农合的管理工作，各省市开始设立了新农合管理系统。可在百度上直接搜索，但有些地区目前还未没有建立此系统，因此有些地方查不到是情有可原的。