1. 印制要求不同：专票是由国家税务主管部门的指定企业印制。而普票是分别由省、自治区、直辖市的国家税务或地方税务局指定企业印制。
2. 使用主体不同：专票一般只能由增值税一般纳税人领购使用。而普票可以由经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用。
3. 发票内容不同：专票的购销双方都要准确填写企业名称、纳税人识别号、地址电话、银行开户及账号。而普票是由销售方要填写名称，税号，地址电话，账号，购货方写企业名称和纳税人识别号。
4. 发票联次不同：专票至少有三联，而普票至少有两联，且普票没有抵扣联。
5. 发票作用不同：专票不仅可以做购销双方收付款的凭证，还可以用作购买方抵扣进项税额的凭证。而普票只能做为运费，收购农副产品，废旧物资的税率抵扣凭证。